جواب در تأييد هدف و مرام آن رسيد . عبد الحميد خود را كامياب مىديد ، براى قدردانى از سيد ، او را در آغوش كشيد و بوسيد . سفير ايران در اسلامبول كارهاى انجمن را با آب و تاب به دربار گزارش مىكرد و دولت ، از فعاليتهاى اين محفل سياسى آگاه بود ، حتّى برخى از نامه‌هايى كه ميرزا آقا خان و احمد روحى در انتقاد از حكومت استبدادى ناصر الدينشاه به علماى عتبات نوشته و آنان را به همكارى در راه پيشرفت اتحاد جامعهء اسلامى دعوت كرده بودند ، توسط يكى از جاسوسان دولت ( اسد إله خان نظام العلما ، از نوادگان صدر اصفهان ) به دست شاه افتاد . شاه و صدر اعظم ، درصدد دستگيرى سيد و ميرزا آقا خان كه به همدستى با او شناخته گرديده بود ، افتادند . تسليم آنان را از باب عالى خواستار گرديدند . ولى تلاش دولت ايران يك چند بىثمر ماند . ناظم الدّوله ( سفير ايران ) در تلگراف خود به تهران مىگويد : « عجالة اقدامات را مناسب نمىدانم . . . منتظر موقع بهتر و مناسب‌تر مىباشم . » از شرحى كه ميرزا آقا خان به ملكم نوشته كاملا پيداست كه وى از نيرنگها ناظم الدوله و گزارشهايى كه عليه او داده‌اند و نيز از تغيير سياست دولت عثمانى ، و سازش آن دولت با ايران بىاطلاع نبوده ، درصدد برآمد تابع دولت عثمانى شود تا از گزند حكومت ايران ، در امان باشد . عبد الحميد نخست وعدهء مساعدت داد ولى بعدا براى حفظ مناسبات عادى خود با ايران از وعدهء قبلى خود عدول كرد . ميرزا آقا خان از اين سرگردانى و ناايمنى خود ، رنج مىبرد ، به ملكم مىنويسد : « تا بتوانم مقاومت مىكنم وقتى كه نتوانستم فرار مىكنم و مىآيم به اروپا . » از ملكم تقاضاى شغل مناسبى در يكى از شهرهاى اروپا كرده بود و ظاهرا ملكم درصدد بود به او كمك كند ولى فرصت از دست برفت و زمان تبعيد به طرابوزان فرا رسيد . رابطه سيد جمال الدين با « باب عالى » ضمنا بايد بدانيم كه در همين ايام مناسبات سيد جمال الدين اسدآبادى و باب عالى ، به تيرگى گراييد . معاندان سيد و درباريان ، عليه او كارشكنيها كردند . سيد هم از انتقاد علنى از حكومت عبد الحميد خوددارى نمىكرد . ميرزا آقا خان مىنويسد : « حضرت شيخ سخت ايستاده مىگويد دو سال است مرا به اينجا جلب نموده‌ايد ، اگر براى مهمانى است بس است ، اگر براى كارى است ، كه كار من معين نشده ، و اگر براى حبس است كه آن هم زنجير و زندان لازم است ، اين كارها هيچ لزومى ندارد . . . » از طرف ديگر ، دولت ايران در تكاپوى دستگيرى سيد و يارانش بود و استرداد آنان را مىخواست ، اما باب عالى راضى نمىشد و گفتگوهاى سياسى ميان دو دولت ادامه